Una linea di universo dell’attrattore Alfa con divergenza: 0.334581%.

Dopo avere appreso tramite una lettera del fallimento di Suzuha, Okabe, già provato dai continui tentativi di salvare Mayuri, non trova il coraggio di eliminare la D-Mail che avrebbe cancellato il tempo trascorso con la viaggiatrice del tempo. Decide di arrendersi: Mayuri viene nuovamente uccisa da Moeka mentre lui, Kurisu e Itaru vengono fatti prigionieri e condotti alla sede centrale del SERN che li costringe a collaborare agli esperimenti sui viaggi nel tempo.

Ginevra, Dicembre del 2011, circa un anno e mezzo dopo il raid al Laboratorio di Gadget Futuristici ad opera dei Rounder.

Daru e Okabe sono reclusi nella stessa stanza e, anche se vengono forniti loro ogni giorno pasti e materiale di svago quali televisione, riviste e a volte, perfino videogiochi, le loro condizioni non sono molto diverse da quelle dei carcerati. Continuano a condurre una vita normale, ma vengono costantemente sorvegliati da delle videocamere e non possono allontanarsi dalla struttura. Dopo avere impiegato circa un anno e mezzo di tempo per ritrovare la forza di affrontare il SERN, i due ragazzi sono finalmente pronti a mettere in atto l’Operation Valhalla, un piano studiato da Daru che consiste nel recuperare Kurisu, fuggire dal quartier generale del SERN e fare ritorno tutti assieme ad Akihabara.